Dans l'avion du vol Hambourg - Boston, un passager s'injecte un produit. Sans que personne ne comprenne, la passager en question se liquéfie et il semblerait que ce soit contagieux car tout le monde fait de même. L'avion parvient quand même à atterir mais pas sans mal. L'agent Olivia Dunham est envoyée sur le terrain et y retrouve son amant (et collègue) : John Scott. Il semblerait qu'il s'agisse d'un complot terroriste. Lorsqu'ils traquent un suspect, une explosion survient et John est gravement brulé. De plus sa peau devient translucide. Olivia décide de tout faire pour le sauver et elle part à la recherche du docteur Walter Bishop. Malheureusement ce dernier est incarcéré dans un institut psychiatrique. Elle va chercher son fils, Peter et tous les deux vont le sortir d'ici. Le père, le fils et Olivia vont tout faire pour comprendre ce qui s'est passé dans cet avion. Mais pour cela, il faut commencer par faire revenir John...

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