Sydney Bristow, jeune étudiante et récemment fiancée a été recrutée au SD-6 en tant qu'agent secret pour "servir et protéger son pays" lui a-t-on dit. Mais l'assassinat de son fiancé Daniel lui fait réaliser que cette organisation oeuvre en fait contre les intérêts américains et que depuis toutes ces années elle travaillait pour le veritable ennemi qu'elle croyait combattre. Elle offre alors ses services à la vraie CIA et devient par la même occasion agent double, tout comme son père !